Zavod za ribištvo Slovenije opravlja dejavnosti javne službe na področju sladkovodnega in morskega ribištva. Poleg tega izvaja tudi tržne dejavnosti s področja športno-rekreativnega ribolova in gojitve rib, ter različne raziskovalne in strokovne naloge s področja ribiške biologije.

Sladkovodno ribištvo

• vzpostavitev in vodenje celovitega informacijskega sistema ribištva, izvajanje monitoringa populacij rib in monitoringa rib kot elementa ekološkega stanja voda po predpisih o varstvu okolja in vodah in določbah zakona o sladkovodnem ribištvu;
• izvajanje drugih strokovnih nalog po predpisih o varstvu okolja in vodah, med katere sodi predvsem priprava predloga programa monitoringa ter metodologije in načina izvajanja monitoringa rib kot elementa ekološkega stanja voda;
• izvajanje drugih strokovnih nalog po predpisih o ohranjanju narave in zakona o sladkovodnem ribištvu;
• izvajanje ribiškega upravljanja v vodah posebnega pomena, določenih z uredbo vlade in v ribiških okoliših, za katere ni sklenjena ali je bila odvzeta koncesija za ribiško upravljanje;
• posredovanje podatkov monitoringa rib kot elementa ekološkega stanja voda ministrstvu, pristojnemu za vode, zaradi ocenjevanja ekološkega stanja voda;
• priprava strokovnih podlag za določitev meja ribiških območij in ribiških okolišev;
• priprava strokovnih podlag za program upravljanja rib in za podeljevanje koncesij;
• priprava načrta ribiškega upravljanja v ribiških območjih;
• izdelava ribiško-gojitvenih načrtov;
• potrjevanje letnih programov izvajalcev ribiškega upravljanja;
• izdajanje soglasij in strokovnih mnenj.

Morsko ribištvo

• zbiranje predpisanih podatkov;
• raziskovanje ribolovnih virov;
• spremljanje stanja za zagotavljanje trajnostne rabe rib in ribolovnih možnosti;
• monitoring populacij rib in monitoring rib kot elementa ekološkega stanja voda po predpisih o varstvu okolja, voda ter določbah zakona o morskem ribištvu;
• poročanje državnim organom, organom Skupnosti in organom mednarodnih organizacij s področja ribištva, katerih članica je Republika Slovenija.

Tržna dejavnost

• različne raziskovalne in strokovne naloge s področja biologije ribištva;
• trženje športno-rekreativnega ribolova v vodah posebnega pomena, v katerih ribiško upravljanje izvaja Zavod za ribištvo Slovenije;
• gojitev in prodaja rib ter ribiških potrebščin v ribogojnih obratih;
• izdajanje strokovnih revij in druge periodike;
• izvajanje izobraževanja;
• druge strokovne naloge določene v vsakoletnem Programu dela in finančnem načrtu Zavoda za ribištvo Slovenije.